การรักษาในปัจจุบันสำหรับวัณโรคมีประสิทธิภาพมากในการควบคุมการติดเชื้อวัณโรคที่เกิดจากเชื้อ อย่างไรก็ตามไม่สามารถป้องกันการติดเชื้อซ้ำได้ เหตุใดสิ่งนี้จึงเป็นหนึ่งในคำถามที่ยาวนานในการวิจัยวัณโรค เหตุใดร่างกายของเราจึงไม่สามารถสร้างภูมิคุ้มกันถาวรให้กับวัณโรค นักฆ่าโรคติดเชื้อชั้นนำทั่วโลก ยาต้านวัณโรคทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงของลำไส้เล็กจุลินทรีย์

ชุมชนที่หลากหลายของจุลินทรีย์ที่อาศัยอยู่ในลำไส้ของเราและเพิ่มความไวต่อการติดเชื้อ Mtb ความสำคัญต่อการทำให้เราแข็งแรง พวกมันช่วยย่อยอาหารต่อสู้กับจุลินทรีย์ที่ทำให้เกิดโรคและเสริมระบบภูมิคุ้มกันของเรา การวิจัยเมื่อเร็ว ๆ นี้แสดงให้เห็นว่าการใช้ยาปฏิชีวนะอย่างสม่ำเสมอทำให้เกิดการหยุดชะงักของชุมชนนี้ซึ่งจะนำไปสู่การผิดปกติของระบบภูมิคุ้มกัน อย่างไรก็ตามยังไม่ชัดเจนว่าการเปลี่ยนแปลงองค์ประกอบของจุลินทรีย์ที่อาศัยอยู่ในลำไส้ของเรานั้นมีอิทธิพลต่อการติดเชื้อวัณโรคหรือไม่